La chiesa è situata in contrada S. Giovanni, dominante una piccola piazzetta. La facciata, principalmente in stile gotico, è caratterizzata dalla sovrapposizione dei vari stili che ne hanno influenzato la realizzazione; si presenta a capanna, delineata da tre settori con aperture non omogenee, di cui quello centrale maggiore. Il primitivo rivestimento quattrocentesco a ricorsi regolari in mattoni rossi e pietra bianca, mentre è dominante, il fondale di interventi successivi, fra cui la sostituzione del rosone originario, di cui rimane una traccia, con un rettangolare finestrone rinascimentale. Altra aggiunta successiva, dell'inizio del XVI secolo, è il portale in pietra con arco su colonne, attribuito a Filippo de' Grassi di Milano. Gli archi che lo affiancano appartenevano ad antiche tombe nobiliari: quello in cotto è il resto di una tomba Maggi, mentre quello in marmo è l'avanzo di un sepolcro della famiglia Paitone. Il campanile è romanico e presenta su un lato nuovamente il rivestimento a corsi di pietra e mattoni alternati. All'interno è visibile l'effetto dell'intervento di ristrtturazione totale del 1651: la chiesa, a pianta a croce latina con transetto si presenta a tre navate, di cui le laterali di dimensioni minori. La navata principale è coperta con volta a botte unghiata impostata alla quota di un cornicione caratterizzante tutta la chiesa, mentre le navate laterlali, scandite dalle colonne e lesene corinzie di separazione delle navate, sono ricoperte con volte a cupola. L'innesto della navata principale con il transetto è definito da una volta a cupola impostata ad una quota maggiore rispetto al restante impianto di copertura voltato, mentre il presbiterio, rialzato dal piano dell'aula è ricoperto nuovamente da una volta a botte a cui si innesta una volta a ventaglio sul fondo, delineata dalla conformazione circolare delle murature verticali dell'abside. Cappella Delle varie cappelle e altari laterali solamente due non fanno parte della struttura originaria: la Cappella del SS. Sacramento, che sostituì nel 1509 la preesistente cappella del Crocifisso, e la Cappella della Madonna del Tabarrino, che Agostino Avanzo sostituì alla Cappella di San Gaudenzio. La Cappella di Santa Maria, invece, annessa alla chiesa a nord della Cappella del SS. Sacramento, sarebbe in assoluto la più antica: la struttura attuale è del XV secolo, ma è probabile che fu costruita sull'originario Concilium Sanctorum. La cappella del SS. Sacramento, costruita nel 1509, rimase per lo più priva di decorazioni per circa un decennio, fino a che la Confraternita del SS. Sacramento, il 21 marzo 1521, chiamò i due importanti autori Romanino e Moretto per realizzare un ciclo pittorico di qualità unica. La cappella si compone di tre nicchie, una di fondo e due laterali, sormontate da tre rispettive lunette al di sotto della volta di copertura. I dipinti del Moretto sono quelli sulla parete destra: la Raccolta della Manna, Elia confortato dall'angelo, i due evangelisti Luca e Marco, L'ultima cena nella lunetta e sei Profeti nel sottarco. Le opere del Romanino occupano invece il lato sinistro: la Resurrezione di Lazzaro, la Cena in casa del Fariseo, gli evangelisti Matteo e Giovanni, la Messa di san Gregorio nella lunetta e nuovamente sei Profeti nel sottarco. Le scene del Moretto appartengono all'Antico Testamento, mentre quelle del Romanino sono episodi del Nuovo Testamento. Nell'insieme, le varie opere sono legate fra loro da una scelta comune di fondo di tipo catechetico: si ha la rappresentazione del dialogo fra Dio e gli uomini attraverso i profeti, della testimonianza della sua esistenza grazie agli Evangelisti e di alcuni episodi centrati sul mistero eucaristico. La parete di fondo è occupata dall'altare del SS. Sacramento ospitante la preesistente Deposizione di Bernardo Zenale, anch'essa opera di notevole valore. La cornice in legno è di Stefano Lamberti, mentre la lunetta soprastante ospita un'Incoronazione della Vergine del Moretto. Impianto strutturale la chiesa è a pianta a croce latina, con tre navate, di cui quelle laterali minori. Ha copertura con volta a botte e l'abside con volta a ventaglio. Si caratterizza per l'esterno a vista in muratura stratificata con parti in laterizio e parti in materiale lapideo. Le coperture hanno struttura a capriata in legno, con manto di copertura in coppi.
C.Da S. Giovanni 12 - Brescia (BS)