XVI - XVI (demolizione preesistenze) la chiesa sorge là dov'era già la più antica chiesa di San Nicolò, demolita nel XVI secolo per far posto alla nuova basilica urbana dedicata al primo patrono della città, San Paterniano. Inglobata nella nuova costruzione, di essa rimase solo il titolo parrocchiale. 1540 - 1558 (costruzione intero bene) ragioni militari avevano imposto ai Canonici Regolari Lateranensi del San Salvatore, custodi dell'antica abbazia di San Martino situata fuori le mura lungo la via Flaminia, l'abbandono del primitivo complesso monastico dove la tradizione vuole che sia morto San Paterniano e dove ora sorge una piccola cappella ottagonale. I Canonici, fin dal quarto decennio del Cinquecento avviarono i lavori per l'attuale chiesa e complesso conventuale dentro le mura. Nel 1551 il corpo del Santo fu traslato in forma solenne dalla chiesa extraurbana a quella cittadina, mentre solo nel 1558 avvenne la consacrazione della nuova basilica. Non vi sono documenti atti a comprovarlo ma il disegno del nuovo complesso è attribuito a Jacopo Sansovino; certo è che presenta affinità stilistiche notevoli con edifici coevi veneti e toscani e che la firma del veneziano Jacopo Colonna nella cisterna che è al centro del chiostro rimanda alla bottega del Sansovino. 1573 - 1573 (completamento facciata) l'esterno dell'edificio non fu mai ultimato e ad ornamento della facciata rimane solo il portale in pietra, opera dello scultore Jacopo di Stefano Bambagiani (1573). 1636 - 1960 (rifacimento cappella) a destra dell'altare maggiore si trova la cappella dedicata a San Paterniano, il cui attuale assetto risale al 1636. Al posto dell'arco che oggi divide le due campate della cappella si alzava un muro ed era possibile accedere al sacello del santo patrono solo attraverso la porticina comunicante con il coro. La parte anteriore della cappella, un tempo dedicata al Beato Pellegrino, fu decorata dal pittore fanese Sebastiano Ceccarini (1703-1783) che eseguì l'affresco della cupola con la Gloria di San Paterniano e le due tele raffiguranti San Paterniano che abbatte gli idoli e San Paterniano che parla al clero assistito da un angelo. Una lapide posta sul pavimento ricorda il luogo di sepoltura del Ceccarini. Il simulacro di San Paterniano, collocato nella parte arretrata della cappella, è adagiato dentro una teca di cristallo, posta sopra un basamento marmoreo, teca realizzata nel 1960 nella ricorrenza delle feste centenarie. Le sue ossa sono tuttora conservate in una cassetta. 1775 - 1775 (rifacimento organo) sopra la porta laterale sinistra del transetto si trova la monumentale cantoria lignea del 1563. L'organo, ricostruito nel 1775 da Gaetano Callido (1727-1813), uno dei maggiori rappresentanti della scuola organaria veneta, attivo in molti centri marchigiani, fu alloggiato dallo stesso Callido nella preesistente cassa coeva alla cantoria. 1860 - 1924 (passaggio di proprietà convento) dopo il 1860 il convento, secolarizzato, fu adibito a caserma. Nel 1924 il convento fu ceduto ai Padri Cappuccini che già avevano officiato la chiesa di Santa Cristina vicino alla rocca malatestiana prima di passare nel nuovo convento lungo la Flaminia poi demolito, ad eccezione della chiesa, per far posto al vasto complesso del Seminario Regionale. 1944 - 1952 (rifacimento campanile) il campanile è stato abbattuto nel 1944 dalle truppe tedesche in ritirata e ricostruito secondo il disegno originale cinquecentesco nel 1952. L'esecuzione delle parti in pietra del campanile originale, erroneamente assegnata al Sansovino, deve essere restituita al veneziano Bambagiani.
P. Sansovino - Fano (PU)
